相傳施琅在清康熙21年（西元1682年）率艦攻打澎湖，船隊在海上遇颶風被打散，多數的船艦平安回到福建平海澳，少數軍隊抵達澎湖，發現該處有座天妃宮，廟左側有一口井，荒廢沒有治理，因為大軍飲用水不足，施琅便派人整治，果然湧出泉水可供軍隊飲用，因而命為「師泉井」或「萬軍井」。