相傳施琅在清康熙21年(西元1682年)率艦攻打澎湖,船隊在海上遇颶風被打散,多數的船艦平安回到福建平海澳,少數軍隊抵達澎湖,發現該處有座天妃宮,廟左側有一口井,荒廢沒有治理,因為大軍飲用水不足,施琅便派人整治,果然湧出泉水可供軍隊飲用,因而命為「師泉井」或「萬軍井」。