「澎湖國內商港馬公碼頭區(馬公港)」簡稱澎湖港，位在馬公市區南側海岸，為一開口朝西的馬蹄形天然港灣。組織架構為一港二碼頭區，包括馬公碼頭區及位於湖西鄉的龍門尖山碼頭區。港區遮蔽良好，風浪平緩，是澎湖群島對外海運的主要門戶，也是民生物資的主要輸入港口。